Ο Καθηγητής Πασχάλης Βαλσαμίδης γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Κωνσταντινούπολη. Είναι απόφοιτος της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, ενώ κατέχει μεταπτυχιακό δίπλωμα και διδακτορικό στην ιστορία του Ελληνισμού της Ανατολικής Θράκης.

Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα επικεντρώνονται στους Ελληνορθόδοξους πληθυσμούς της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και της σύγχρονης Τουρκίας. Ειδικότερα μελετά την ιστορία του Ελληνισμού της Ανατολικής Θράκης, της Ανατολικής Ρωμυλίας, της Μικράς Ασίας, του Πόντου, της Μακεδονίας, της Κωνσταντινούπολης, καθώς και των νησιών Ίμβρου και Τενέδου από τον 19ο αιώνα έως σήμερα.

Παράλληλα ασχολείται με την ιστορία του Οικουμενικού Πατριαρχείου, την ιστορία και την εκπαίδευση των Τούρκων της Μακεδονίας (19ο αιώνα-1924), καθώς και με την τουρκική γλώσσα και λογοτεχνία.

Έχει δημοσιεύσει σημαντικό αριθμό βιβλίων και επιστημονικών άρθρων σε περιοδικά, τιμητικούς τόμους και πρακτικά συνεδρίων, ενώ κείμενά του έχουν δημοσιευθεί και στον τύπο καθώς και στο διαδίκτυο. Έχει συμμετάσχει με εισηγήσεις σε ελληνικά και διεθνή επιστημονικά συνέδρια και έχει δώσει διαλέξεις στην Τουρκία.