Ο Ιωάννης Μηνά Μπακιρτζής αποφοίτησε από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του Α.Π.Θ. και είναι Διδάκτορας του Τμήματος Κοινωνιολογίας του Παντείου Πανεπιστημίου Αθηνών, με την Διδακτορική Διατριβή υπό τον τίτλο: «Οι ιστορικές συνιστώσες της ιδεολογίας και του έργου του Γεωργίου Βιζυηνού και η οθωμανοκρατία στην Θράκη, κατά το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα (1999).
Διδάσκει ως Καθηγητής στην Σχολή Ανθρωπιστικών Σπουδών του Δ.Π.Θ., στο γνωστικό αντικείμενο: «Ύστερη Οθωμανική αυτοκρατορία και σύγχρονο Τουρκικό κράτος–Ιστορία και κοινωνία». Επίσης, διδάσκει στα ΠΜΣ: «Σπουδές στην Τοπική Ιστορία–Διεπιστημονικές προσεγγίσεις» του Δ.Π.Θ. και «Γεωπολιτική και Θρησκεία» του Α.Π.Θ..
Κατά την ακαδημαϊκή του σταδιοδρομία δίδαξε στην Τουρκία, στο Πανεπιστήμιο Θράκης της Αδριανουπόλεως, ως συμβασιούχος Επίκουρος Καθηγητής, στο Τμήμα Μετάφρασης.
Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εστιάζονται χρονολογικά κυρίως στον 19ο αιώνα και θεματολογικά στην καθημερινή ζωή στα υπό οθωμανική κυριαρχία Βαλκάνια, ιδίως στην επαρχία–βιλαέτι της Θράκης, τα δημογραφικά, κοινωνικά και οικονομικά δεδομένα που προκύπτουν από τις Οθωμανικές Επετηρίδες, τα Γεωγραφικά Λεξικά, τα Πρακτικά των Ιεροδικείων, τους Προϋπολογισμούς, την Εκπαίδευση στην Οθωμανική αυτοκρατορία και την στρατιωτική ιστορία κατά την εν λόγω περίοδο.